Берём подходящий лоадер здесь: http://www.ioncube.com/loaders.php
| 1 2 3 | wget http://downloads2.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz tar zxf ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz mv ioncube /usr/local | 
wget http://downloads2.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz tar zxf ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz mv ioncube /usr/local
теперь в конфиг php (в моём случае /etc/php.ini) вставим с блок [Zend] строки:
| 1 2 | zend_extension = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.4.so zend_extension_ts = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.4_ts.so | 
zend_extension = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.4.so zend_extension_ts = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.4_ts.so
для php 5.4, обратите снимание на последние цифры so-шки, они должны соответствовать версии php.
Проверяем:
| 1 | php -v | 
php -v
| 1 2 3 4 | PHP 5.4.23 (cli) (built: Dec 11 2013 06:48:03) Copyright (c) 1997-2013 The PHP Group Zend Engine v2.4.0, Copyright (c) 1998-2013 Zend Technologies with the ionCube PHP Loader v4.5.2, Copyright (c) 2002-2014, by ionCube Ltd. | 
PHP 5.4.23 (cli) (built: Dec 11 2013 06:48:03)
Copyright (c) 1997-2013 The PHP Group
Zend Engine v2.4.0, Copyright (c) 1998-2013 Zend Technologies
    with the ionCube PHP Loader v4.5.2, Copyright (c) 2002-2014, by ionCube Ltd.
